Statut Gdańskiej Szkoły Wyższej przewiduje następujące organy jedno­osobowe uczelni:

  • Rektora
  • Kanclerza oraz
  • dziekana każdego wydziału w siedzibie GSW w Gdańsku i w filiach uczelni.

Władze Gdańskiej Szkoły Wyższej stanowią:

  1. Rektor dr inż. Wioleta Mikołajczewska, prof. GSW
  2. Kanclerz
  3. Dziekan Wydziału Nauk Społecznych dr Mirosław Borkowski, prof. GSW
  4. Dziekan Wydziału Zamiejscowego w Tczewie oraz w Braniewie mgr inż. Tomasz Kozłowski

Jedynym organem kolegialnym uczelni jest Senat Gdańskiej Szkoły Wyższej. Wydziały nie mają swoich organów kolegialnych.